据说神社始建于公元848年，现在的建筑则是在1644年左右重建的。供奉的神明是被称为山神或是健康之神的大山咋神。天台宗是在9世纪从中国传入日本的。而神社最初的建筑正是由日本天台宗第三代座主圆仁（794年-864年）主持修建的。日光的轮王寺也是佛教天台宗的寺庙。（日枝神社供奉的）大山咋神的魂灵是由京都附近的日本天台宗总本山——比睿山延历寺所分出来的。这座神社可以说这是保留了神佛习合（神社与寺院混合，不分彼此的信仰方式）时代旧貌的神社。神佛习合的信仰方式正是起源于天台宗的。
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