二荒山神社最初建造在男体山山顶， 由僧侣修验者胜道上人（735–817）于782年创设。原本男体山被称为二荒山，「二荒」的另一种日语读音近似「日光」的读音，因此而得「日光」之名。二荒山神社在日光拥有3400公顷的土地，其中包括位于中禅寺湖畔的中宫祠、坐镇在男体山顶的奥宫，还有华严瀑布、伊吕波山道与日光国家公园的山脉。
二荒山神社的主要建筑位于东照宫的西侧，周围环绕着许多神圣的树木。 据说有一棵吉祥树可为寻找婚姻伴侣的人带来好运，有一对根部相连的树木可赋予幸福婚姻，另外三棵相连的树木被认为可赋予幸福的家庭生活。 神社的花园里有几座历史上很重要的神社建筑，还可仔细参观两座始建于1619年的拜殿和正殿。在神社花园里有一处泉源，据说是青春之泉，还有一间小茶馆。
1999年，二荒山神社、东照宫和轮王寺作为“日光的神社和神庙”被指定为联合国教科文组织世界遗产。光是二荒山神社就包含了23个重要文化遗产。