奈良時代（710年〜794年）に創建と伝わる、日光で最も古い社寺の1つ。祭神は味耜高彦根命、二荒山神社の主祭神である大己貴命の御子神です。
二荒山神社や輪王寺の開祖・勝道上人（735年-817年）は、766年にまず大谷川を渡り日光へ入り、小さな祠を建てました。そのため、本宮神社は二荒山神社発祥の地であるとも考えられます。
手前には参拝者が祈りを捧げる拝殿が、その奥には味耜高彦根命が祀られる本殿が置かれています。本殿の背面には扉が設けられて、かつてはここから男体山を拝んでいました。これがすなわち神と先祖の御霊の在わす聖なる場所として山を拝む、山岳信仰です。