もとは848年に創建された神社であるとされています。現在の建物は1644年頃に建てられたもので、祭神は、山の神また健康の神とされる大山咋命（おおやまくいのみこと）。
最初のものは、9世紀に中国から伝わったとされる日本天台宗の第3代座主・円仁（794年-864年）によって建てられました。
日光の輪王寺も天台仏教のお寺です。(日枝神社に祀られている)大山咋命の御霊は、京都の近くにある日本天台宗の総本山・比叡山延暦寺から分けられたものです。
この神社は神仏習合（神社と寺院を混淆して信仰する考え方）時代の面影を残す施設であると言えます。この神仏習合は天台宗がその草分けとなりました。