ศาลเจ้านี้ถูกสร้างสำหรับเป็นสถานที่สักการะชั่วคราวของนิกโกโทโชกูในปี ค.ศ. 1617 ตัวอาคารที่สร้างจากไม้เรียบๆ แตกต่างจากศาลเจ้าของนิกโกที่มีการตกแต่งอย่างสวยงาม ลักณะแบบนี้ทำให้หวนนึกถึงรูปแบบเดิมของนิกโกโทโชกูก่อนหน้าจะได้รับการก่อสร้างขึ้นใหม่ในช่วงปี ค.ศ. 1630 ภายในอาคารมีศาลเจ้าแบบหามหรือที่เรียกว่า “มิโคชิ” สามหลังเก็บรักษาอยู่
“มิโคชิ” จะถูกนำออกมาที่ศาลเจ้านิกโกฟูตาระซังสำหรับงานเทศกาลยาโยอิซึ่งเป็นเทศกาลเฉลิมฉลองการมาเยือนของฤดูใบไม้ผลิ โดยจัดขึ้นในช่วงวันที่ 13 - 17 เดือนเมษายนของทุกปี จิตวิญญาณศักดิ์สิทธิ์ของเทพเจ้าที่ปกติสถิตอยู่ในศาลเจ้าหลักจะถูกอัญเชิญไปยัง “มิโคชิ” และนำออกจากอาคารเพื่อมาร่วมในขบวนแห่ของงานเทศกาล
จากซ้ายไปขวา คือ “มิโคชิ” อันเป็นที่สถิตของเทพเจ้าอาจิซุกิทากาฮิโกเนะโนะมิโคโตะ เทพโอนามุจิโนะมิโคะโตะ และเทพทาโกริฮิเมะโนะมิโคะโตะ