เทพเจ้าซูคูนะบิโกะโนะมิโคโตะของชินโตเป็นเทพเจ้าแห่งการแพทย์และความรู้ซึ่งประดิษฐานอยู่ที่ศาลเจ้ามิโทโมะแห่งนี้ บันทึก “โคจิกิ” ซึ่งเป็นบันทึกเก่าแก่ที่สุดของประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นโบราณที่รวบรวมเป็นรายลักษณ์อักษรครั้งแรกในปี ค.ศ. 712 บันทึกไว้ว่าซูคูนะบิโกะโนะมิโคโตะได้ช่วยเหลือโอนามุจิโนะมิโคโตะในการขึ้นปกครองญี่ปุ่น ซึ่งโอนามุจิโนะมิโคโตะเป็นหนึ่งในเทพเจ้าหลักที่ประดิษฐานอยู่ที่ศาลเจ้านิกโกฟูตาระซังนั่นเอง
ถึงแม้ว่าจะยังไม่รู้อย่างแน่ชัดถึงอายุของศาล แต่อ่างน้ำหินที่ใช้สำหรับการชำระล้างมือนั้นได้ถูกจารึกด้วยตัวอักษรจีนระบุปี ค.ศ. 1753 จากสิ่งนี้จึงคาดคะเนกันว่าศาลเจ้ามิโทโมะนั้นมีประวัติศาสตร์ความเป็นมาอย่างน้อย 250 ปีมาแล้ว ผู้ที่เดินทางมาสักการะนั้นจะล้างมือจากอ่างน้ำหินที่ตั้งไว้ด้านหน้าศาลเจ้าก่อนการเข้าสักการะ การปฏิบัติเช่นนี้เชื่อว่าเป็นการชำระล้างผู้มากราบไหว้ให้บริสุทธิ์และแสดงถึงความเคารพนับถือต่อเทพเจ้าชินโต