ศาลเจ้าฮนกูเป็นหนึ่งในศาลเจ้าที่เก่าแก่ที่สุดในนิกโก เชื่อกันว่าถูกสร้างขึ้นระหว่างยุคนารา (ค.ศ. 710 – 794) บูชาเทพเจ้าอาจิซุกิทากาฮิโกเนะโนะมิโคโตะซึ่งเป็นบุตรชายของโอนามุจิโนะมิโคะโตะ
ในปี ค.ศ. 766 โชโด โชนิน (ค.ศ. 735 - 817) นักบวชผู้ซึ่งก่อตั้งศาลเจ้านิกโกฟูตาระซังและวัดรินโนจิ ได้ข้ามแม่น้ำไดยะมาสู่นิกโกและสร้างศาลเจ้าเล็กๆ ศาลหนึ่งเอาไว้ จึงว่ากันว่าศาลเจ้าฮนกูนั้นถือเป็นถิ่นกำเนิดของศาลเจ้านิกโกฟูตาระซังเลยทีเดียว
อาคารทางด้านหน้านั้นเป็นไฮเด็น (อาคารสำหรับสักการะ) และส่วนที่อยู่ด้านหลังเป็นฮนเด็น (อาคารหลัก) ซึ่งประดิษฐานอาจิซุกิทากาฮิโกเนะโนะมิโคโตะ มีประตูอยู่ทางด้านหลังของศาล เดิมทีมีการเคารพบูชาภูเขานันไตจากที่นี่ เนื่องจากหนึ่งในความเชื่อเก่าแก่ของชินโตคือภูเขาเป็นพื้นที่ศักดิ์สิทธิ์ที่มีเทพและวิญญาณบรรพบุรุษอาศัยอยู่