กล่าวกันศาลเจ้าฮิเอะถูกสร้างขึ้นครั้งแรกในปี ค.ศ. 848 ส่วนศาลเจ้าที่เห็นในปัจจุบันนั้นเป็นศาลที่สร้างขึ้นในปี ค.ศ. 1644 ประดิษฐานเทพเจ้าของชินโตชื่อเทพโอยามะคุอิโนะมิโคะโตะซึ่งเป็นเทพเจ้าแห่งภูเขาและสุขภาพที่ดี ในตอนแรกสุดศาลเจ้าถูกสร้างขึ้นโดยพระเอ็นนิน (ค.ศ. 794 - 864) เจ้าอาวาสผู้นำทางศาสนารุ่นที่ 3 ของศาสนาพุทธนิกายเทนไดซึ่งญี่ปุ่นรับมาจากประเทศจีนในศตวรรษที่ 9 วัดรินโนจิของนิกโกก็คือวัดพุทธในนิกายเทนไดเช่นกัน จิตวัญญาณศักดิ์สิทธิ์ของเทพเจ้าโอยามะคุอิโนะมิโคะโตะที่ประดิษฐานอยู่ ณ ศาลเจ้าแห่งนี้อัญเชิญมาจากศาลเจ้าฮิเอในวัดเอ็นเรียวคุจิแห่งเขาฮิเอที่อยู่ใกล้เกียวโตและเป็นวัดศูนย์กลางของนิกายเทนไดของญี่ปุ่น ที่นี่ถือได้ว่าเป็นอนุสรณ์แห่งการหลอมรวมศาสนาพุทธกับศาสนาชินโตเข้าด้วยกันก่อนสมัยเมจิ (ค.ศ. 1868 - 1912) การหลอมรวมเข้าด้วยกันทางศาสนานี้มีศาสนาพุทธนิกายเทนไดเป็นผู้บุกเบิก