วิหารสักการะ (ไฮเด็น) และวิหารหลัก (ฮอนเด็น)

ศาลเจ้าในศาสนาชินโตประกอบด้วยสถาปัตยกรรมหลัก 2 อาคาร ได้แก่ วิหารสักการะ (ไฮเด็น) และวิหารหลัก (ฮอนเด็น) โดยทั่วไป วิหารสักการะจะมีขนาดใหญ่กว่าวิหารหลัก เนื่องจากวิหารหลักใช้สำหรับประกอบพิธีกรรมทางศาสนาเท่านั้น แต่วิหารสักการะจะมีพื้นที่สำหรับให้ประชาชนเข้าไปสักการะด้วยนั่นเอง
วิหารหลักของศาลเจ้าจูกูชิสร้างขึ้นในปีค.ศ. 1701 และได้กลายมาเป็นสถานที่สำหรับจัดพิธีกรรมทางศาสนาต่างๆ เพื่อสักการะภูเขานันไต ในช่วงเทศกาลปีนเขานันไตซึ่งจัดขึ้นเป็นเวลา 1 สัปดาห์ ตั้งแต่วันที่ 31 กรกฎาคมจนถึง 7 สิงหาคม ทางศาลเจ้าจะย้ายวัตถุมงคลสำหรับสักการะขึ้นไปไว้บนศาลเจ้าบนยอดเขานันไต นี่คือช่วงเวลาที่ผู้ศรัทธาจะได้กล่าวอธิษฐานต่อหน้าเทพโดยตรงซึ่งไม่มีเทศกาลอื่นใดในประเทศญี่ปุ่นที่มีลักษณะเช่นเดียวกัน
อาคารวิหารหลักและวิหารสักการะใช้หน้าจั่วทรงโค้งซึ่งเป็นเอกลักษณ์เฉพาะของศาลเจ้าและวัดญี่ปุ่น แลคเกอร์สีแดงที่นำมาทาเคลือบอาคารมีไอรอนออกไซด์เป็นส่วนผสมหลัก ซึ่งช่วยให้อาคารทนทานต่อสภาพอากาศ อาคารทั้งสองหลังได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นทรัพย์สินทางวัฒนธรรมแห่งชาติ