相傳創建於奈良時代（西元710年～794年），為日光最古老的神社之一。供奉著味耜高彥根命，是二荒山神社的主祭神，為大己貴命的御子神（指具有親子關係的神祇）。二荒山神社與輪王寺的創建者・勝道上人（西元735年-817年），於西元766年率先橫渡大谷川前往日光，建造了小祠堂。因此，本宮神社被視為二荒山神社的發祥地。神社前方是供參拜者祈願的拜殿，裡面則是供奉著味耜高彥根命的本殿。本殿的後面設置著門扉，昔日就是從此處祭拜男體山。這便是將山岳視為神靈與祖先所在的聖所而進行祭祀的山岳信仰。
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