原本的神社創建於西元848年。現在的神社則興建於1644年左右，供奉著被視為山神與健康之神的大山咋命。最初的建築是由西元9世紀從中國傳入日本的天台宗第三代座主・圓仁（西元794年-864年）所創建。日光的輪王寺也屬於天台佛教的寺廟。大山咋命的御靈（供奉於日枝神社），是由京都附近的日本天台宗之總本山・比叡山延曆寺所分流的神祇。此神社可以說是神佛習合（神社與寺院混合的信仰系統）時代所留下的產物。此種神佛習合的概念為天台宗所開創。
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