二荒山神社最初建造在男體山山頂， 由僧侶修驗者勝道上人（735–817）於782年創設。原本男體山被稱為二荒山，「二荒」的另一種日語讀音近似「日光」的讀音，因此而得「日光」之名。二荒山神社的土地在日光擁有3400公頃的土地，其中包括位於中禪寺湖畔的中宮祠、坐鎮在男體山頂的奧宮，還有華嚴瀑布、伊呂波山道與日光國家公園的山脈。
二荒山神社的主要建築位於東照宮的西側，周圍環繞著許多神聖的樹木。 據說有一棵吉祥樹可為尋找婚姻伴侶的人帶來好運，有一對樹木根部相連可賦予幸福婚姻，另外三棵相連的樹木被認為可賦予幸福的家庭生活。 神社的花園裡有幾座歷史上很重要的神社建築，還可仔細參觀兩座始建於1619年的拜殿和正殿。在神社花園裡有一處泉源，據說是青春之泉，還有一間小茶館。
1999年，二荒山神社、東照宮和輪王寺被指定為聯合國教科文組織世界遺產，日光的神社和神廟。光是二荒山神社就包含了23個重要文化遺產。